一直以来，影响南京大学和东南大学合并的最大障碍是合并后的命名问题，南大坚持取南京大学的“京”字与东南大学的“南”字，叫“南京大学”；而东大要求取其“东”字与南大的“南”字，叫东南大学。双方长期无法达成一致，最终教育部出面，取东南大学的“东”字与南京大学的“京”字，叫——东京大学！